15年没有出现的怪物「使徒」逼近第3新东京市，千里迢迢来见父亲的真嗣也不幸被卷入这场灾难当中；前来接他的神秘女子葛城美里自称是特务机关NERV所属的国际公务员，而NERV同时也是真嗣他父亲工作的地方。使徒朝着第3新东京市而来，联合国军队的攻击对它一点效果也没有，剩下的只有最秘密的人造兵器EVA可以与之抗衡。只是真嗣万万没想到，负责拯救世界的EVA初号机驾驶员，竟然就是他自己……
