在人类补完委员会的特别召集会议当中，大家回顾了使徒和EVA的战斗记录。真嗣他们的行动真的只不过是按照SEELE的剧本，重现死海文书上的记述吗？另一方面，在NERV本部进行的机体互换试验中，真嗣驾驶的零号机突然暴走，严重破坏了本部设施。——EVA、傀儡插入栓、亚当计画、朗基努斯之枪等等，故事中的谜团变得更多也更扑朔迷离了。
