因为与EVA的同步测试得到很高的数值，真嗣开始有了自信，并在跟使徒的战斗中接下了前锋的任务；然而第12使徒「夜之天使」还是毫不客气地，把骄傲的真嗣以及初号机吞进了被称为「狄拉克之海」的虚数空间。真嗣在封闭的空间中与另一个自己对峙着，经历内心宇宙的纠葛苦闷后，他所到达的地方将会是绝望？还是会有其他的结果呢？
