在以往曾是第3新东京市所在地的爆炸中心，真嗣一个人伫立在水边。正当他不知何去何从的时候，一个自称名为渚薰的少年出现了，他以第五适任者的身份被分发到这里，并对初次见面的真嗣毫不吝惜地以友情与好意相待。真嗣虽然有点犹豫，不过薰的机智和温柔终于溶化了真嗣顽固的心，让真嗣第一次感觉到理解和共鸣所带来的喜悦；只是这一切后来都在刹那间结束，因为薰是SEELE送来的第17使徒。为了歼灭使徒，初号机追着薰来到了最终教义区，然而在那里等待着真嗣的，却是比死还要痛苦的抉择……
